On üçüncü yüz yılda Moğol baskısı sonucu çok sayıda Türkmen Azarbaycan ve Horasandan Anadolu'ya göç etmişti.Ancak Anadolu Selçuklu devleti bu göçebe Türkmenlerin ülkenin batı kesimlerine ilerlemelerine müsaade etmeyerek dar bir bölgede kalmaları için baskı yapıyordu.
İmparatorluğun doğusunda sıkışıp kalan Alevi Türkmenler kısa bir süre sonra yoksulluğa sürüklendiler.Bu yetmiyormuş gibi II Gıyaseddin Keyhüsrev'in adaletsiz tutumuna maruz kalmaktaydılar.Yoksulluğa ve adaletsizliğe maruz bırakılan Türkmenler Amasya'da yaşayan Baba İlyas'ın etrafında toplanmaya başladılar.Baba İlyas'ın yardımcısı olan ve Adıyaman'da yaşayan Baba İshak halkı Anadolu Selçuklu devletine karşı örgütlemeye başladı.
Adıyaman'ın Hısnı Mansur'da yaşayan Baba İshak bu bölgede bulunan Türkmenleri silahlandırarak çevreyi ele geçirmek suretiyle isyanı başlatmış oldu.Üzerine gönderilen Selçuklu kuvvetlerini bir bir yenerek Adıyaman,Gerger ve Kahtayı ele geçirmeyi başardı.Baba İlyas yönetiminde ayaklanan Türkmenlere Halep ve Antep yörelerine sürülmüş Harzem Türkleri'de katılınca ayaklanma daha'da geniş bir bölgeye yayılmış oldu.Elbistan'da Baba İshak güçlerine yenilen Anadolu Selçuklu ordusu Sivası ayaklanmacılara bırakmak zorunda kaldı.Akabinde Amasya ve kayseri'de ayaklanmacıların eline geçmiş oldu.
Baba İshak'ın Pirim dediği Baba İlyas Amasya ayaklanmacıların eline geçmeden önce Anadolu Selçuklu kuvvetleri tarafından yakalanarak kale burcuna asılmak suretiyel idam edildi.Baba İlyas'ın İdam edildiğini duyan ayaklanmacılar dahada öfkelendiler.Anadolu Selçuklu devletinin başkenti olan Konya'yı tehdit etmeye başladılar.
Baba İshak güçleri Kırşehir üzerine yürümeye başlayınca II Gıyaseddin Keyhüsrev buradan ayrılmak zorunda kaldı.Baba İshak güçleri 1240 Tarihinde Kırşehir'in doğusunda yer alan Malya ovasına geldiler.Babailer bu ovada Emir Necmeddin komutasındaki Selçuklu kuvvetleriyle karşı karşıya geldiler.Emir Necmeddin zırh giymiş kiralık Frank askerlerini önü sürerek yapılan savaşta Babai güçleri yenilgiye uğrayarak dağıldılar.Bu savaşta baba İshak hayatını kaybeder..
Bu yenilgiden sonra Türkmenler Selçuklular tarafından ağır bir şekilde katledildiler.Türkmenler için adeta sürek avı başlatıldı.Kendilerini korumak için dağlık bölgelere çekilen Türkmenler yaşamlarını buralarda sürdürmeye çalıştılar.Bu ayaklanmadan sonra zayıflayan Anadolu Selçukluları 1243 tarihinde moğol istilasına uğrayarak yapılan kösedağ savaşında Moğollar tarafından ortadan kaldırıldı.ö.vkp.
